Erigée en paroisse par les premiers seigneurs de Clisson, Notre-Dame est probablement issue de la chapelle castrale primitive (XIe-XIIe) La construction de l’édifice pourrait remonter aux XIIIe-XIVe siècles. Par testament du 5 février 1407, le connétable Olivier V, seigneur de Clisson fonde, en cette église, une collégiale. En 1412, celle-ci est établie en l’église Notre-Dame par sa fille Marguerite de Clisson et approuvée par une bulle du pape Jean XXIII (pontificat 1410-1415).

  • Au XVIIe siècle (1636), l’église Notre-Dame était de dimension restreinte. Un petit clocher à charpente s’élevait au milieu de la nef. Un second clocher, destiné au chapitre, était situé à côté de l’église. Sous le grand autel se trouvait, depuis le Moyen Âge, l’enfeu des seigneurs de Clisson, mais, peu avant 1790, on du le combler car on remplaçait alors le vieil autel par un autre, en marbre, beaucoup plus lourd qui risquait de détériorer la voûte de la crypte (les châsses furent retirées et déposées dans un autre caveau, sous la sacristie de la cure).
  • La chapelle, dite de Sainte Anne, est construite au bas de la nef, du côté de l’épître, un peu avant 1683.
  • En 1793, brûlée et saccagée au cours des guerres de Vendée, l’église Notre-Dame ne conserve plus que ses pans de murailles et son porche. Elle sera restaurée sous l’Empire (début XIXe siècle).
  • En 1809, elle est close et couverte, la nef est plus allongée.
  • En 1818, un clocher-campanile est construit d’après un plan de l’architecte nantais Mathurin Crucy. Il s’érige sur la voie publique, mais joint immédiatement le côté sud de l’église au niveau du premier tiers de la nef.
  • En 1840, l’église est agrandie d’un bas-côté nord sur des plans d’Henri Gilée exécutés par l’entrepreneur clissonnais Jacques Gautier. Le mur de l’abside, côté nord, est remplacé par une colonnade de pierres blanches.
  • En 1844, on procède à une restauration importante du sanctuaire.
  • En 1850, on construit un bas-côté sud qui englobe la base du clocher-campanile et présente, du côté de la façade principale, une travée de plus que le bas-côté nord (architecte Henri Gilée).
  • De 1879 à 1881, nombreuses discussions concernant le projet de l’architecte Méchinaud proposant la démolition de l’église, jugée en fort mauvais état, et la reconstruction de celle-ci. Projet rejeté pour des raisons financières.
  • En 1885, l’architecte nantais René Ménard propose une restauration complète de l’édifice cultuel. Le projet est approuvé par les élus et les travaux, commencés en 1887, sont confiés au Clissonnais Eugène Gautier. La majeure partie des murs est conservée, ainsi que les colonnes.
  • Ce nouveau sanctuaire, de style néoclassique-roman, est fortement inspiré de l’église plus ancienne de St-Giovanni e Paulo à Rome. A l’extérieur, le clocher-campanile et le chevet de l’église sont caractéristiques de l’église italienne de St-Jean-et-St-Paul.
  • L’église Notre-Dame présente une façade tripartite, basse et trapue, typique des églises romaines. Le décor de la façade est sculpté en relief.
  • Supporté par des colonnes, le tympan du portail central, signé J. Vallet, représente Notre- Dame, le tympan du portail sud : Saint Joachin et le tympan du portail nord : Sainte Anne.
  • Aux angles de la façade, nous pouvons observer deux blasons : à droite, les armes de la ville de Clisson et à gauche les armes de l’Evêque de Nantes, Mgr Jules-François Le Coq.
  • Sur la façade les deux personnages : Saint Jacques tenant son bâton de pèlerin et Sainte Marie-Madeleine portant une jarre, rappellent l’existence de deux paroisses supprimées après la Révolution (Saint-Jacques et la Madeleine).
  • Un double motif à croix de Malte rappelle semble-t-il l’existence au XIIe siècle à Clisson d’une commanderie appartenant l’Ordre des Templiers.
  • Sur le fronton de la façade, les armes du pape Léon XIII.
  • Au faîte du pignon, la statue de la Vierge Marie.
  • Suivant l’usage, l’église Notre-Dame est orientée à l’est. Son plan est celui de l’antique basilique romaine. L’église se compose d’un chœur en hémicycle, précédé d’une travée droite et d’un arc en plein cintre, d’une nef à cinq travées ouvrant sur deux bas-côtés par autant d’arcs en plein cintre, soutenus par des colonnes en pierre à chapiteaux corinthiens. La dernière travée du mur nord comporte une abside en saillie abritant les fonts baptismaux. Le chœur et les fonts baptismaux sont en cul-de-four.
  • Les trois vaisseaux sont couverts d’une charpente apparente en bois de pitchpin : celle de la nef, à entraicts retroussés, est ornée, en sa partie médiane, d’une série de caissons à décor géométrique. L’édifice est éclairé d’une série de triplets et de baies en plein cintre. Le chœur est aveugle.
  • La fresque du chœur (1931) décorant le mur de l’abside de l’église représente le couronnement de Marie par le Sainte Trinité (Assomption de la Vierge Marie). Les personnages sont très stylisés, longilignes, en hommage aux artistes italiens de la Renaissance. La composition est très symétrique. Quelques Clissonnais y sont représentés. Une fresque orne également les fonts baptismaux (1932), elle représente le baptême de Jésus. Toutes deux sont l’œuvre du peintre clissonnais Georges Lusseau.
  • Au-dessus de l’entrée principale est exposée la reproduction d’un tableau dont l’original, réalisé par l’artiste-peintre lyonnais Jacques Stella (1596-1635), se trouve au musée d’Arts de Nantes. Le donateur, un jésuite de la famille Arese de Milan, blotti sous les plis de la toge d’un apôtre est représenté, à l’angle inférieur droit de la toile, dans une attitude de méditation et de repentance.
  • Sur l’œuvre exposée dans l’église Notre-Dame, le visage mélancolique du donateur a fait place à celui d’un rapin aux favoris abondants, au teint fleuri, contrastant avec sa chevelure grisonnante. Il s’agit de Michel-Charles Duboueix, artiste peintre en miniature, auteur de cette reproduction. Il est le fils de Michel Duboueix, à la fois un médecin et premier maire constitutionnel de Clisson.
  • Les vitraux réalisés par Charles Champigneulle (1853-1905) représentent, dans le collatéral gauche : la Nativité de la Vierge, l’Annonciation, la Visitation, la Nativité de Jésus et dans le collatéral droit : « la présentation au Temple de Jérusalem », « Jésus au milieu des docteurs de la Loi », « l’ouvrier charpentier en Galilée », « la mort de Joseph », « le Calvaire ». Sur la partie supérieure de la façade trois vitraux illustrent des épisodes de la vie de la Vierge
  • Une statue moderne de la Vierge, sculptée en plein cœur de chêne, a été érigée après la seconde Guerre Mondiale, en reconnaissance de la protection accordée à la ville.
  • Enfin, le 9 avril 1961, une plaque commémorative en marbre blanc est apposée sur un mur. Elle rappelle le massacre, pendant la période révolutionnaire, de 8 prêtres de la paroisse (5 noyés, 1 brûlé vif, 1 mort en prison, 1 fusillé), ainsi que de 107 laïcs clissonnais.